高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
不死的新人类“亚人”被政府视为研究对象，普通高中生永井圭发现自己竟是亚人后，展开逃亡。
在复杂的架空世界中，各国在武藏的舞台上，围绕着历史再现与人类存续展开宏大战争。